肠道微生物 宏基因组 16s rdna rflp(限制性片段长度多态性) solexa测序论文

肠道微生物论文：凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨【中文摘要】本文以凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)肠道微生物为研究对象,运用不同的微生物基因组提取方法提取了凡纳滨对虾肠道微生物的宏基因组DNA,并用分子生物学方法评价提取的基因组DNA质量,将所提质量最佳的凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组DNA用于Solexa测序,进行相关生物信息学分析。结合传统微生物的培养方法和现代分子生物学的方法对凡纳滨对虾肠道微生物的可培养性进行了研究。本研究旨在通过不同物理形态的2216E基培养培养凡纳滨对虾肠道微生物,再利用细菌16SrDNA基因的限制性酶切多态性的方法分析所培养的微生物的多态性,从而来考察培养基的物理形态对于微生物生长的影响。主要内容分以下2部分:1.比较了CTAB-酚/氯仿法和微生物基因组提取试剂盒二种方法提取新鲜凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组DNA的效果,结果表明CTAB-酚/氯仿法提取总DNA的得率(92.5ng/L)是微生物基因组提取试剂盒(24.8ng/L)的3.7倍,半定量PCR法检测二种方法微生物基因组相对含量分别为72.3%,67.6%。RNAdungeon是一种在提取细胞RNA前保存细胞样品的试剂,但其在保存微生物基因...【英文摘要】1.Inthisthesis,amethodforevaluatingthegenomicDNAextractedfromshrimpintestinalmicrofloarbasedonsemi-quantitativePCRwasdeveloped.Method:Three approacheswereappliedinextractingintestinalmetagenomicDNAsinL.vannamei:1)TIANampbacteriaDNAkit、modifiedCTAB-phenol/chloroformmethod,pre-treatedwithRNAdungeonreagent.Bacterial16SrDNAandL.vannamei18SrDNAwereamplifiedandcomparedfortheratioofbacterialandhostDNAcontents.Theresultssuggestedthattheconcentration...【关键词】肠道微生物宏基因组16SrDNARFLP(限制性片段长度多态性)Solexa测序【英文关键词】intestinalmicrofloarMetagenome16SrDNARFLPSolexasequencing【目录】凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨摘要5-6Abstract6-7第一章引言12-21第一节海洋微生物抗菌活性研究进展12-15第二节环境微生物培养及鉴定研究进展15-17第三节研究方法17-21第二章凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组的提取及Solexa测序21-362.1材料方法21-262.1.1材料212.1.2方法21-262.2结果与分析26-342.2.1宏基因组DNA电泳检测及紫外分光光度计定量检测26-272.2.2半定量PCR反应条件的确定27-282.2.3宏基因组DNA半定量PCR检测28-302.2.4宏基因组DNASolexa测序结果初步分析30-342.3 讨论34-36第三章凡纳滨对虾肠道微生物的培养36-493.1材料方法36-433.1.1材料363.1.2方法36-433.1.2.1培养基、抗生素及诱导剂配置、基因组提取试剂配置36-383.1.2.2凡纳滨对虾肠道微生物的富集和培养38-393.1.2.3肠道微生物及培养后富集微生物基因组DNA的提取393.1.2.4细菌16SrDNA的PCR扩增393.1.2.516SrDNA文库的构建39-413.1.2.6阳性克隆的筛选及RFLP分析41-433.2结果与讨论43-493.2.1基因组DNA的提取433.2.2细菌16SrDNAPCR扩增433.2.3阳性克隆的筛选、RFLP分析43-49第四章小结49-50参考文献50-58发表文章目录58-59致谢59