生物科学专业信息资源推介

生物科学专业信息资源推介数据库名称BGI家蚕基因组数据库BGISilkwormDatabase数据库网址http://silkworm.genomics.org.cn/数据库简介家蚕基因组有28条染色体，约4.8亿碱基对，估计有基因4万个。2003年11月，中科院华大基因和西南农大等单位已率先完成家蚕基因组"框架图"绘制工作，在此基础上构架家蚕基因组数据库系统。包括国际最全的家蚕基因组研究数据，包括突变体、EST、基因、重复序列等基因组信息。服务方式：查询、免费下载。关键字家蚕基因组数据库名称韩国大米基因组数据库KoreaRiceGenomeDatabase数据库网址http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html数据库简介KRGD是韩国大米的基因数据库，它搜集有关韩国大米的所有基因。数据库提供的EST序列查找能够快速找到所要研究的基因的EST。数据库还提供韩国大米的基因图谱，帮助相对准确地在基因组染色体上找到基因的定位。KRGD目前由韩国Myongji大学的生物科学系负责维护管理。服务方式：查询、免费下载。关键字Korea韩国rice大米genome基因组数据库名称线虫基因组数据库AceDB数据库网址http://www.acedb.org/数据库简介AceDB是于1989年最初由JeanThierryMieg和RichardDurbin开发的一个基因组数据库系统。它提供一个自定义数据库核心和一个特别设计的非标准数据模型以便灵活地处理科学数据，以及一个绘图用户界面和许多特别的显示和基因组数据处理工具。AceDB用于管理基因组计划内的数据和使基因组数据供科学界使用。服务方式：查询、分析、免费下载。关键字AceDBgenome基因组数据库名称线虫基因组预测蛋白数据库WormPepC.elegansProteinsdb数据库网址http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep/数据库简介Wormpep包括了线虫基因组中所有预测蛋白。在线虫基因组数据库AceDB的基础上,它共有9,745,258个碱基长度的基因预测的22,246个蛋白序列(其中1705个蛋白具有不同的剪接本)。搜寻方式可以使用蛋白序列、对应cDNA序列、序列的CDS编码和位置数据、蛋白的TREMBL或Swiss－Prot编码等。另外，提供基于BLAST的同源比对。本数据库由线虫基因组计划衍生出来，主要数据由英国Sanger中心、美国圣路易斯测序中心提供和更新。服务方式：查询、分析、免费下载。关键字eleganworm线虫predictedprotein预测蛋白数据库名称盘基网柄菌基因组数据库DictyDb－DictyosteliumdiscoideumGenomeDatabase数据库网址http://dictybase.org/数据库简介盘基网柄菌基因组，包括染色体以及线粒体的全部基因组数据库,在细胞粘菌中，由于盘基网柄菌的生活史最简单，且发育阶段分明，是极好的研究材料。该数据库不仅提供了盘基网柄菌的基因组信息，还为盘基网柄菌的序列提供了，已知及同源的基因列表，BLAST服务器，染色体定位图，已完成和进行中的基因敲除变异种的粘菌资料。并提供了相关的盘基网柄菌cDNA文库的链接及使用说明。该数据库由加州UCSD大学的发育基因项目（DGP）支持。服务方式：查询、免费下载。关键字盘基网柄菌genome基因组数据库名称枯草杆菌基因组数据库BSORFBacillussubtilisGenomeDatabase数据库网址http://bacillus.genome.ad.jp/数据库简介枯草杆菌基因组数据库是由日本枯草杆菌协会建立的专业数据库。该数据库收集的数据主要分为两类：以彩色图谱显示的基因组图谱以及以列表形式出现的其他来源数据，如突变信息、DNA芯片数据。用户可以通过输入基因名称、描述性字眼、分类号等方式进行查询，也可以直接输入序列检索是否是枯草杆菌的基因组序列或基因组中的编码序列。该数据库最近一次更新于2003年9月。服务方式：查询。关键字B.subtilis枯草杆菌genome基因组数据库名称枯草杆菌基因组信息数据库BacillussubtilisGeneticDatabase数据库网址http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/数据库简介该数据库介绍了枯草杆菌基因组的各方面信息，它包含了B.subtilis168（枯草杆菌的模式菌种）4,214,630bpDNA，蛋白质序列以及相关基因的注释和功能推测。该数据库的信息主要来源于EMBL/GenBank/DDBJ数据库以及发表在国际杂志上或者相关方面科研工作者的报告，主要由Institut Pasteur维护（法国的一个私人的非盈利性的疾病预防基金会），它提供了方便的查询系统，可以通过输入基因名，基因的染色体定位以及功能分类进行查询，并可以对查出的序列进行BLAST等分析。它的特色是提供了枯草杆菌彩色的染色体定位图，在图上的每一点均提供了链接，介绍具体的基因定位及相关信息。具有感官认识，可以方便查询。服务方式：查询、免费下载。关键字B.subtilis枯草杆菌genome基因组数据库名称枯草杆菌全基因组、基因图谱和密码子方面的数据库NRSUBNonredundantB.subtilisDatabase数据库网址http://pbil.univlyon1.fr/nrsub/nrsub.html数据库简介该数据库收录了枯草杆菌的全基因组，并加入基因图谱和密码子方面的数据，可通过web方式查询，也可直接根据关键字、序列名称或基因编号查询，并提供序列文件全文搜索。库内总碱基数达4214814条；可由SWISSPROT,ENZYME和HOBACGEN数据库参考相关基因家族；所有基因图谱位置由电脑计算得出，精确度为0.1。维护单位包括日本国家遗传所、法国里昂大学遗传学和群体生物学实验室、法国巴斯德学院基因表达调控系及瑞士生物信息学学院。服务方式：查询、免费下载。关键字B.subtilis枯草杆菌genome基因组数据库名称酵母基因组数据库SaccharomycesGenomeDeletionProject数据库网址http://sequencewww.stanford.edu/group/yeast_deletion_project/deletions3.html数据库简介酵母基因组数据库提供了Saccharomycescerevisiae（酿酒酵母）基因组及其开放阅读框（openreadingframe,ORF）功能的很多相关信息。其中开放阅读框的功能是通过基于基因剔除的PCR技术和突变的遗传分析获得的。数据库内容包括：不同的ORFs剔除品系、ORFs剔除所用的引物序列、重要的ORFs等。此外，该数据库给出了很多技术和方法相关的文献并可以与YDPM数据库（YeastDeletionProjectandMitochondriaDatabase）等相链接，它由SaccharomycesGenomeDeletionProjectConsortium（酵母基因组剔除研究计划协会）维护。服务方式：查询。2005,25(11)中国生物工程杂志ChinaBiotechnology中国生物工程杂志ChinaBiotechnologyVol.25No.112005关键字Saccharomycescerevisiae酿酒酵母genome基因组数据库名称蓝细菌基因组数据库CyanoBaseTheGenomeDatabaseofCyanobacteria数据库网址http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html数据库简介蓝细菌基因组数据库可以获得关于蓝细菌基因组结构的序列和全部解释资料。它最初由MakotoHirosawa,TakakazuKaneko和SatoshiTabata创办，现在的版本由KazusaDNA研究所YasukazuNakamura,TakakazuKaneko和SatoshiTabata发展并维护。生氧光合作用是地球上的最基本的生命过程，蓝细菌带有生氧光合作用的全部基因。该有机物出现于非常古老的年代，可以在多种环境下生存。该数据库还提供了很多其它菌类或藻类相关的链接，便于用户查找相关信息。服务方式：查询。关键字蓝细菌genome基因组数据库名称细胞器基因组数据库GOBASETheOrganelleGenomeDatabase数据库网址http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/数据库简介GOBASE细胞器基因组数据库由加拿大健康研究院(CIHR)和加拿大医学研究委员会（MRC）资助，2003年12月建立，由CanadaDalhousieUniversity维护。整合了与线粒体和叶绿体相关的各种数据，今后将包含细菌的信息。核酸和蛋白数据来源于NCBI的Entrez数据库，分类信息来源于NCBI的Taxon数据库。提供到PID,Entrez,Blast等的链接，界面友好，便于查询。服务方式：查询。关键字细胞器genome基因组数据库名称基因组在线数据库GOLDGenomesOnlinedb数据库网址http://www.genomesonline.org/数据库简介基因组在线数据库（GOLD）在国际网内提供全世界已完成的和正在进行的基因组项目，其中有315个已发表的完成的基因组项目和正在进行的804个原核生物的基因组项目和547个真核生物的基因组项目。服务方式：查询。关键字genome基因组数据库名称人类基因组图谱标准数据库GeneLocTheUnifiedDatabaseforHumanGenomeMapping (UDB)数据库网址http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc/数据库简介人类基因组图谱标准数据库，GeneLoc整合了包括Genethon,NCBI，基因组数据库等在内的多个数据库的资料，统一了基因的收集，剔除了冗余的部分，并且赋予每一个基因有意义的定位标识符，也叫作基因卡片ID。GeneLoc包含了人类所有染色体的基因整合信息，此外，与基因平行的DNA片段信息也包含在其中。它为用户提供了友好的检索界面，用户可以根据染色体的位置，基因名称，基因登记号等方式查询基因的具体定位。并为初学者提供了检索实例。该数据库由以色列生物信息&Crown人类基因组研究中心支持维护。服务方式：查询。关键字human人类genome基因组数据库名称人类组织的全基因组数据库HOWDYHumanOrganisedWholeGenomeDatabase数据库网址http://gdb.jst.go.jp/HOWDY/top_en.pl数据库简介人类组织的全基因组数据库是一个数据库系统为检索人的染色体信息并供给公众的不同的数据源。您能发现这里的信息从基因数据库自动地被提取和被显示以所有数据有标识符，共同兴趣和链接的数据。数据库促进获得人的基因的信息由使用正式标志和别名被HUGO人的基因命名原则委员会、GDB和LocusLink批准。它为完成的contigs并且提供人的染色体地图的一个图解看法并且产生辐射杂种地图。由日本科技集团维护，是一个集成的人类基因数据库，通过网络接口，用基因信号和基因别名访问数据库。服务方式：查询。关键字human人类tissue组织genome基因组数据库名称GDB人类基因组数据库TheGDBHumanGenomeDatabase数据库网址http://www.gdb.org/数据库简介人类基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。目前GDB中有：人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimersPCR标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogeneticmarkers、易碎位点fragilesites、EST序列、综合区域syndromicregions、contigs和重复序列)；人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、放射性杂交图谱、contentcontig图谱和综合图谱等)；人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上等位基因频率数据)。GDB数据库以对象模型保存数据，提供基于Web的数据对象检索服务，用户可以搜索各种类型的对象，并以图形方式观看基因组图谱。服务方式：查询。关键字Human人类genome基因组数据库名称DDBG/CIB人类基因组数据库(DDBJ/CIBHumanGenomicsStudio)数据库网址http://studio.nig.ac.jp数据库简介自从人类基因组草图公布以后，已有大量的基因组序列注册到国际DNA数据库里（DDBJ/EMBL/GenBank）。DDBJ/CIBHumanGenomicsStudio从2000年开始启动，由日本生物信息中心建立，它搜集了DNA数据库中人的基因组数据，并按24条染色体重新组织基因组序列。人们可以从该站点下载非冗余的人基因组序列。服务方式：查询。关键字Human人类genome基因组数据库名称人类线粒体基因组数据库MITOMAP－AHumanMitochondrialGenomeDatabase数据库网址http://www.mitomap.org/数据库简介HMGDB是人类线粒体基因组数据库，它包含人类线粒体DNA的突变信息和多态性信息。数据库提供的查询功能可以通过基因名，疾病名和酶名来检索。可以通过访问线粒体蛋白库来获取有关蛋白的序列和三维结构等资料。数据库提供的MitoAnalyzer可以显示多态性如何影响人类线粒体DNA表达的蛋白。服务方式：查询。关键字Human人类mitochondrial线粒体genome基因组数据库名称动物基因组数据库AnimalGenomeResearchProgram(AGP)数据库网址http://animal.dna.affrc.go.jp/agp/index.html数据库简介AnimalGenomeResearchProgram(AGP)是由NIAS,ISTA和STAFFInstitute携手开发的一个合作项目。该项目构建了一个有关动物基因的数据库，通过使用酵母人工染色体的标记来对基因进行检索存放，利用DNA标记也能够方便地从数据库中找到所需要的基因数据。数据库提供的BAC Identifier是一个很有用的工具，输入详细的数据就能得到所要找的酵母人工染色体的编号。现在提供的PEDE还能通过使用EST片断来检索数据库查找信息。该数据库目前由上述三个机构共同维护管理。服务方式：查询、分析、免费下载。关键字animal动物gene基因数据库名称阐释基因组DNA序列的工具TRADATTRAnscriptionDatabasesandAnalysisTools数据库网址http://www.epd.isbsib.ch/TRADAT.html数据库简介由CNRITBA、GBF、GSF、MedicalResourceCouncil、ISREC、UNIL合作，旨在提供一种用特殊区域来阐释基因组DNA序列的工具。由于全基因组扫描使得数据量骤增，对这些序列的系统功能分析被对基因产物的结构功能分析取代。该数据库收集了序列分析的相关数据，并适当整合，用数学公式精确描述，对启动子、增强子、LCR和编码区、开放阅读框的关联作广泛分析，所有的数学公式用适当的模式基因组修正。服务方式：查询、分析、免费下载。关键字tool工具genome基因组数据库名称小鼠基因组信息数据库TheMouseGenomeDatabase数据库网址http://www.informatics.jax.org/数据库简介小鼠基因组信息数据库由美国著名的杰克森实验室创建，提供了针对实验室小鼠的遗传学、基因组学和生物学数据的综合检索。该数据库提供了多种检索工具，如针对序列的小鼠BLAST。该数据库分类详细，用户可以根据所需选择适当的分类检索，如基因和标记、等位基因和表型、株系和多态性、基因表达、图谱、小鼠肿瘤生物学、探针和克隆以及参考文献等。该数据库允许用户按分类列表提交新的数据，同时也提供相关的数据下载服务。服务方式：查询。关键字mouse小鼠genome基因组数据库名称整合鼠基因及基因组数据库TheRatGenomeDatabase数据库网址http://rgd.mcw.edu/数据库简介由威斯康星医学院和NIH血液中心创建，鼠基因及基因组的研究机构合作维护，旨在收集、巩固和整合鼠基因及基因组的研究成果，使之能尽快被科研机构取得，并提供数量显著位点、突变和其他表型数据，每月1日、15日更新。是目前全世界重要的鼠研究合作机构，有研究论坛和ftp下载。数据包括基因序列、QTL、SSLP、EST、家系、图谱等。可用的工具有BLAT、BLAST、基因注释、基因组扫描等。目前，日本和中国都有其镜像站点。服务方式：查询、分析、免费下载。关键字mouse小鼠genome基因组中国生物工程杂志ChinaBiotechnology,2005,25(11):98～103研发动态北京蛋白质组研究中心正式成立北京蛋白质组研究中心日前在中关村生命科学园成立，该中心同时也是人类肝脏蛋白质组计划的国际总部。人类肝脏蛋白质组计划旨在寻找解析与人类肝脏重大疾病和生理功能相关的蛋白质。军事医学科学院副院长、北京蛋白质组研究中心主任贺福初院士介绍，该计划自去年启动以来，已鉴定中国人胎肝蛋白质3000种，法国人肝脏蛋白质5000种，中国成人肝脏蛋白质12000种，并将这些鉴定结果建立了数据库。目前，专家们正对这些数据进行分析。由我国首先提出并领衔的“人类肝脏蛋白质组计划”是第一个人类组织器官的蛋白质组计划，也是我国科学家首次成为大型国际科研计划的领导者之一。在中国领导下，已有16个国家的80多个实验室参与了研究工作。在人类基因组研究取得进展后，人类蛋白质组的研究能进一步解析生命现象、致病机理和病理。由于中国肝病人数较多，因此我国决定加大对肝脏蛋白质组的研究力度。对肝脏蛋白质组的研究将作为诊断肝病、新药设计的靶标。2001年诺贝尔医学奖得主利兰·哈特韦尔说，对肿瘤的研究应以早期诊断为主，而中国领导的肝脏蛋白质组研究将有助于肝癌的早期诊断。中法胚胎细胞生物学联合实验室成立中国科学院副院长陈竺与来访的法国国家农业研究院院长MarionGuillou女士于11月4日共同签署了创建中法哺乳动物胚胎细胞生物学联合实验室（简称LABIOCEM）的协议。该协议明确了双方学术交流、生物材料交流、谈判和完成研究合同的法定框架及共同准则。双方一致同意在中法双方法律法规允许的范畴内，就双方共同感兴趣的合作项目，开展与克隆和治疗性克隆相关的基础研究/应用基础研究工作，致力于推动基础研究向临床应用的转化，通过联合实验室的工作促进中法双方在胚胎干细胞与发育生物学领域的合作，为人的治疗性克隆研究和人类疾病相关模型工作打好基础，为提高人类健康水平服务。 国家新药筛选中心与美国英杰公司开展合作研究中国科学院上海药物研究所国家新药筛选中心和美国英杰公司（Invitrogen）于近日宣布达成合作研究协议，计划涉及英杰公司的新药发现技术（如GeneBLAzerTM和PolarScreenTM）的合作应用和新的试剂及药物筛选方法的共同研究。这些方法和试剂将被应用于对国家新药筛选中心化合物样品库实施的针对核受体的高通量筛选中。“很高兴能与国家新药筛选中心共同开发和运用基于细胞核受体的新型筛选方法及技术，核受体在一些疾病进程中的重要性及相关活性化合物的成药性已经得到证实。我们相信通过这次合作，英杰公司的试剂及技术在核受体小分子调节剂筛选方面的应用价值将得到验证”，英杰公司药物发现技术部主任JohnPrinten表示，“希望不断地在新的平台中展示英杰生物技术的实用性及效率。国家新药筛选中心在天然产物及传统中草药研究方面的经验将帮助我们开拓药物研发技术的新领域。”国家新药筛选中心主任王明伟说：“与英杰公司的合作是我们实施国际化战略进程的重要步骤和自然延伸。通过这次平等互利的合作，双方将在技术、资源和人力等方面达到最大程度的优势互补和整合强化”，“通过和英杰公司科学家们的紧密合作，我们相信可以很快地把一系列全新的、基于核受体的筛选方法引进验证，并应用到大规模药物筛选之中，由此发现的活性小分子化合物将把这项合作推向一个新阶段。”禽流感病毒目前仍然比较稳定正在日内瓦参加“禽流感问题国际会议”的世界动物卫生组织总干事贝尔纳·瓦莱特日前表示，虽然禽流感对人类的威胁始终存在，但Ｈ５Ｎ１型禽流感病毒目前仍然比较稳定。瓦莱特解释说，在亚洲两年来至少有数百万野鸟和家禽感染了Ｈ５Ｎ１型病毒，而通过养殖厂、田间、森林、实验室等，这些动物与人类接触的机会至少有数百万次，但两年来仅出现了１２３个人类感染禽流感的病例，此外该病毒与其他病毒混合的迹象也不明显，这些事实说明这种病毒感染人的效率还很低，它仍然比较稳定。瓦莱特表示，禽流感通过迁徙野鸟从东南亚传入东亚用了一年多时间，而从东亚再传入俄罗斯以及罗马尼亚又用了一年，这说明它的地域传染速度很慢，有可能是一些动物本身就有抗体抵御病毒，减弱了它的传播速度。瓦莱特表示，鉴于禽流感在鸟类中的传染速度不够快，也不够普遍，因此不能肯定鸟类或禽类一定会把这种病毒大量传染给人类，并引发流感大流行。当然我们仍然应该保持高度警惕。瓦莱特强调，“人类流感的大流行并非迫在眉睫或不可避免”，他认为，人们不应该把这种病毒对人的危害与对禽类的危害混淆。目前这种病毒传染给人的能力还很弱，因此当前把预防人类流感的工作放在首位是错误的，当务之急是集中精力在禽类中预防这种流感的蔓延，以避免遭受更大损失。瓦莱特说：“我对人类控制住该病毒的蔓延表示乐观。”美国研制成功快速检测流感毒株芯片美国最近研制成能在11小时内检测出流感病毒株系的芯片，这种芯片使用简便、检测结果快速准确，有望帮助人们应对可能发生的流感疫情。美国科罗拉多大学化学系教授凯西·罗兰和罗伯特·库奇卡等人研制的这种“流感芯片”，目前已通过了美国疾病控制和预防中心的初步测试，有望在一年内投入实验室应用。对Ｈ５Ｎ１型高致病性禽流感和Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２两种人类常见流感，它的检测准确率达９０％以上。“流感芯片”和显微镜用的载物片一样大小，上面是整齐排列的微小点阵。每３个直径约５０微米的小点排成一行，点上嵌的是代表流感病毒基因组一个特征基因的ＤＮＡ材料，然后再按照已知流感病毒株系的基因组序列，将它们排成一列。一个这样的微小点阵代表一个已知的病毒株系，就可以用来检测样本中的病毒了。 快速检测流感病毒株系具有重要意义，它能帮助医务人员尽早发现新毒株、追踪病毒的演化、找出最危险的毒株并开发相应疫苗，在防控流感疫情时掌握主动。研究人员表示，“流感芯片”所用的病毒基因组信息将免费提供给各实验室。他们计划进一步提高检测速度，并在未来几年内将整个系统做成掌上电脑大小，这样可以用于野外的快速实地检测。酵母研究揭示出抗癌药物的分子作用机理在一项新的研究中，酵母菌揭示出了一种能通过抑制血液供应来中止人类肿瘤生长的抗癌药物的分子作用机理。直到现在，开发药物GSAO的新南威尔士大学研究人员才知道它能杀死内皮细胞但对肿瘤本身无直接影响的原因。新的研究表明内皮细胞缺少一种肿瘤用于驱逐出入侵它的细胞结构的外源分子的“转运蛋白”。研究的结果发表在近日出版的JournaloftheNationalCancerInstitute。研究人员利用经过遗传修饰的酵母细胞来分析这种转运蛋白，他们使用了能代表基因组中每一个非核心基因的4800个酵母突变。实验结果显示那些对药物GSAO敏感的突变酵母细胞缺少能让它们将药物驱逐出细胞膜的蛋白质。这些发现告诉我们有一个编码一种对细胞保护自己不被GSAO攻击至关重要的蛋白质的特殊基因。知道了这种蛋白后，研究人员在人体中发现了一种相对应的蛋白——多药物抗性相关蛋白（MRP）。肿瘤中这种转运蛋白的存在是抗癌药物无法攻击癌症的其中一个原因。GSAO能通过攻击缺少这种转运蛋白的内皮细胞来间接靶向肿瘤。因此，GSAO的抗癌机制是阻止肿瘤生长扩散所依赖的血液供应。