生物信息学 实验 核酸序列分析

核酸序列分析【实验目的】1、掌握核酸序列检索的基本步骤；2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；3、掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析；【实验内容】1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素(leptin)的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析’3、使用DNAclub软件对人瘦素(leptin)的mRNA序列进行可读框架分析；4、使用NCBI查询系统进行人瘦素(leptin)的基因组序列分析【实验方法】1、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；3、在输入栏输入homosapiensleptin;4、点击go后显示与LEP相关的序列信息，5、查找人leptin的mRNA或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息；6、将序列转为FASTA格式保存7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析(反向或互补序列转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找)；8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA(Contig)的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；9、分析人瘦素(leptin)的基因组序列；查找外显子与内含子序列。【作业】1、归纳对人瘦素(leptin)的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果；2、写出人leptinmRNA序列酶切位点3个。 ORIGIN1GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGgtaaggccccggcgcgctccttcctccttct61ctgctggtctttcttggcaggccacagggccccacacaactctggatcccggggaaactg121agtcaggagggatgcagggcggatggcttagttctggactatgatagctttgtaccgagt......10681ctccttgcagtgtgtggttccttctgttttcagGCCCAAGAAGCCCATCCTGGGAAGGAA10741AATGCATTGGGGAACCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCA10801AGCTGTGCCCATCCAAAAAGTCCAAGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACAATTGTCAC10861CAGGATCAATGACATTTCACACACGgtaaggagagtatgcggggacaaagtagaactgca10921gccagcccagcactggctcctagtggcactggacccagatagtccaagaaacatttattg......13021aggcagcccagagaatgaccctccatgcccacggggaaggcagagggctctgagagcgat13081tcctcccacatgctgagcacttgttctccctcttcctcctgcatagCAGTCAGTCTCCTC13141CAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCTGGGCTCCACCCCATCCTGACCTTATC13201CAAGATGGACCAGACACTGGCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAA13261CGTGATCCAAATATCCAACGACCTGGAGAACCTCCGGGATCTTCTTCACGTGCTGGCCTT 13321CTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGGGCCAGTGGCCTGGAGACCTTGGACAGCCTGGGGGG13381TGTCCTGGAAGCTTCAGGCTACTCCACAGAGGTGGTGGCCCTGAGCAGGCTGCAGGGGTC13441TCTGCAGGACATGCTGTGGCAGCTGGACCTCAGCCCTGGGTGCTGAGGCCTTGAAGGTCA13501CTCTTCCTGCAAGGACTACGTTAAGGGAAGGAACTCTGGCTTCCAGGTATCTCCAGGATT......16081CACTAGATGGCGAGCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAA16141AGTTAGCTGAGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCCACTCGGGAGGCTGAGACAGG16201AGAATCGCTTAAACCTGGGAGGCGGAGAGTACAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTGCACTC16261CGGCCTGATGACAGAGCGAGATTCCGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTGTTTTTAA16321AAAAATCTAAATAAAATAACTTTGCCCCCTGC在genbank查询到有关leptin基因的资料，阅读资料回答以下问题：在genbank的登录号是哪个？属于leptin的哪一种分子类型？来源于什么物种？该基因在染色体上的定位情况？Leptin基因有几个外显子，几个内含子？哪一段是ORF区域，其编码的蛋白质检索号是哪个，编码的蛋白质包含多少氨基酸，信号肽、成熟肽序列分别为哪一段，LOCUSNM_0002303444bpmRNAlinearPRI13-DEC-2009DEFINITIONHomosapiensleptin(LEP),mRNA.SOURCEHomosapiens(human)source1..3444/organism="Homosapiens"/mol_type="mRNA"/chromosome="7"/map="7q31.3"gene1..3444/gene="LEP"/db_xref="GeneID:3952"exon1..29/number=1exon30..201/number=2CDS58..561/product="leptinprecursor"/protein_id="NP_000221.1"sig_peptide58..120mat_peptide121..558exon202..3427/number=3LOCUSNC_00000716352bpDNAlinearCON10-JUN-2009DEFINITIONHomosapienschromosome7,GRCh37primaryreferenceassembly.ACCESSIONNC_000007REGION:127881331..127897682GPC_000000031SOURCEHomosapiens(human) FEATURESLocation/Qualifierssource1..16352/organism="Homosapiens"/mol_type="genomicDNA"/db_xref="taxon:9606"/chromosome="7"gene1..16352/gene="LEP"/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusinggenepredictionmethod:BestRefseq."/db_xref="GeneID:3952"mRNAjoin(1..29,10714..10885,13127..16352)/product="leptin"/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusinggenepredictionmethod:BestRefseq."/transcript_id="NM_000230.2"/db_xref="GeneID:3952"CDSjoin(10742..10885,13127..13486)/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusinggenepredictionmethod:BestRefseq."/codon_start=1/product="leptinprecursor"/protein_id="NP_000221.1"/db_xref="GeneID:3952"